طبع الكتاب أكثر من مرة، وأول طبعة له هي الطبعة المنيرية، وما بعدها إما صورة عنها، أو بالاعتماد عليها دون الرجوع للأصول الخطية للكتاب، وغنيٌّ عن القول ما في ذلك من القصور، مهما اجتهد المصحِّحُ تصحيحه! فالأصول الخطية أصل أصيل وركن. ركين يرُجع إليها للخروج بنصٍّ أقرب إلى الصحة، وأسلم عن الخطأ.
وهذا بيان بطبعات الكتاب التي وقفت عليها:
١ - الطبعة المنيرية، بإدارة الطباعة المنيرية، لصاحبها الشيخ محمد منير آغا الدمشقي الأزهري ت (١٣٦٧)، بدون تاريخ، في مجلدين، في كل مجلد جزاءن، عدد صفحاتهما نحو (١٠٠٠ صحيفة).
وقد كُتِب على كل جزءٍ من أجزائها الأربعة هذه العبارة "عُني بتصحيجه والتعليق عليه ومقابلة أصوله للمرة الأولى محمد منير الدمشقي". وقال في آخر الكتاب: (٤/ ٢١٨): "الحمد لله .. يقول محمد منير ... صاحب إدارة الطباعة المنيرية: قد تم -والحمد لله- كتاب بدائع الفوائد للإمام ...، وقد بذلت جهدي بتصحيحه ومراجعة أصوله على غير نسخة بعد عرضِها على جماعة من أهل العلم والفهم والذكاء، فجاءت بحول الله وقوّته غاية في الصحة ... " اهـ.
وقد استلَّ من "البدائع" تفسير المعوِّذتين وطبعه مفردًا في (٨٠ صفحة)، كما ذكر في كتابه "نموذج من الأعمال الخيرية": (ص/ ٣٩٩ - ٤٠٠)، ولم يُشر هناك إلى كون هذا الجزء من "بداع الفوائد"!.
وقد تبيّن لي أنه اعتمد على نسختين، اعتمد إحداهما أصلًا، والأخرى للنظر فيما يُشكل، وأثبتَ ذلك في مواطن معدودة في الكتاب، إلا أنه لم يذكر لنا تفاصيل عن النسخ التي اعتمدها، فلا نستطيع الجزم بأنها إحدى النسخ التي بين أيدينا، وإن كنت أميل إلى أن نسخة الظاهرية التي رمزنا لها بـ (ظ) هي الأصل الذي اعتمده، بسبب الزيادة التي في آخر النسخة، وبسبب التوافق في ترتيب الكتاب١ والله أعلم.
٢ - طبعة دار المعالي بالأردن، سنة ١٤٢٠، مجلدان في أربعة أجزاء، تحقيق محمد بن إبراهيم الزّغلي.
٣ - طبعة دار الخير ببيروت، سنة ١٤١٤، مجلدان في أربعة أجزاء، كُتِب عليها: تحقيق معروف مصطفى زريق، ومحمد وهبي سليمان، وعلي عبد الحميد بلطه جي، وقدَّم لها الدكتور محمد الزُّحيلي.
٤ - طبعة مكتبة دار البيان بدمشق، سنة ١٤١٥ في مجلدين تحقيق محمد بشير عيون، ذكر في المقدمة أنه اعتمد على نسختي الظاهرية، ولم يظهر أثر ذلك في الكتاب!.
٥ - طبعة دار الكتب العلمية بيروت، بدون تاريخ، في مجلَّدين،